Milênios se passaram em Arrakis desde os eventos narrados em Duna, e o planeta, que antes era desértico, agora está verdejante e vigoroso. O Imperador Deus de Duna, que garantiu uma paz forçada em todos os planetas, consegue entender o futuro, e sabe, com uma terrível certeza, que sua raça será extinta a menos que ele crie novas qualidades para a espécie. As regras do Imperador não são benevolentes. Sua transformação não deixou apenas sua aparência desumana, mas também seu senso de moral.
Mais de mil anos após a liderança do Imperador Deus Leto II, o planeta Rakis está em ruínas. Do deserto ao verde fértil e de volta à aridez, o mundo completou um ciclo e foi abandonado por milhões de habitantes, que por milênios tiveram suas ambições destruídas. Agora, o povo da Dispersão está retornando dos lugares mais distantes do universo, dividido em facções que buscam poder sobre o que restou do Império. Em meio a essas mudanças, as Bene Gesserit encontram uma garota chamada Sheeana, que possui as habilidades dos Fremen. Essa garota, que causa furor religioso e pode realizar uma antiga profecia, tem o potencial de ser uma peça-chave para o destino da humanidade.
Após a ação arrasadora de um misterioso culto matriarcal, a ordem Bene Gesserit se vê quase dizimada, o que representa uma terrível ameaça aos valores do Antigo Império. A fim de se defender, a Irmandade recua para o planeta de Casa Capitular, seu reduto mais oculto, levando consigo os segredos dos vermes da areia e da produção de mélange. E é a partir desse mundo misterioso que elas organizam sua resistência, suas ações e a restauração de seus planos, iniciados nos longínquos tempos de Duna.